Schwarzer Rettich ist im Allgemeinen gut verträglich, wenn er im Rahmen einer ausgewogenen Ernährung oder als Nahrungsergänzungsmittel gemäß den Anwendungsempfehlungen konsumiert wird.
Bei manchen empfindlichen Personen kann ein hoher Verzehr gelegentlich zu Verdauungsbeschwerden wie Blähungen, Bauchkrämpfen oder leichten Magenreizungen führen.
Aufgrund seiner Wirkung auf die Gallensekretion wird schwarzer Rettich in der Regel bei Verschluss der Gallenwege, symptomatischen Gallensteinen oder bestimmten hepato-biliären Erkrankungen ohne vorherige ärztliche Rücksprache nicht empfohlen.
Vorsorglich sollten schwangere oder stillende Frauen sowie Personen, die Medikamente einnehmen, vor der Einnahme von Nahrungsergänzungsmitteln mit schwarzem Rettich einen Arzt konsultieren. Dies gewährleistet eine auf ihre individuelle Situation zugeschnittene Anwendung.